Декабрь 2004 года – Председателем Счетной палаты была назначена г-жа Алла Попеску и члены Счетной палаты: Георге Кожокарь, Татьяна Кунецки, Михаил Чиботару и Ион Драгуца.
Февраль 2005 года – Постановлением Парламента №1-XV от 17.02.2005 утверждена новая структура Счетной палаты, в рамках которой действуют департаменты, управления, отделы, территориальные офисы и другие подразделения со штатной численностью 150 единиц.
Июль 2005 года – Законом №180-XVI “О внесение изменений и дополнений в Закон о Счетной палате №312-XIII от 8 декабря 1994 года”, был изменен порядок назначения членов Счетной палаты. Так, 3 из 7 членов представители мажоритарной парламентской фракции, а 4 – представители парламентской оппозиции. Председатель Счетной палаты предлагает Парламенту кандидатуры членов Счетной палаты, рекомендованные законно созданными парламентскими фракциями. Каждая парламентская фракция вправе рекомендовать по меньшей мере 2 кандидатов.
22 декабря 2005 года – Постановлением Парламента №340-XVI, г-жа Алла Попеску была назначена на должность Председателя Счетной палаты, сроком на 5 лет.
29 декабря 2005 года – в соответствии с требованиями Закона №180-XVI “О внесение изменений и дополнений в Закон №312-XIII от 8 декабря 1994 года о Счетной палате”, Постановлением Парламента №382-XVI, был назначен новый состав Счетной палаты: Елисавета Фока, Михаил Чиботару, Георге Кожокарь, Анатолие Гилаш, Андрей Гроза и Сержиу Гужа. 2 ноября 2007 года, Постановлением Парламента №230-XVI, г-жа Екатерина Пакнехад была назначена членом Счетной палаты.
17 апреля 2006 года - Счетная палата Республики Молдова (СПРМ) утвердила План стратегического развития (ПСР) Счетной палаты (апрель 2006 - декабрь 2010), а 18 апреля 2006 года состоялась его официальная презентация. Путем реализации данного Плана Счетной палате предстоит трансформироваться в высший орган аудита, отвечающий наивысшим стандартам независимости, объективности и профессионализма при проведении внешнего контроля и аудита публичных финансов.
26 сентября 2006 года в Кишиневе было подписано Соглашение об институциональном сотрудничестве между Национальным офисом аудита Швеции (НОАШ) и СПРМ в рамках процесса стратегического развития.
25-26 января 2007 года в Стокгольме в рамках первого Заседания Координационного комитета по институциональному развитию было подписано Соглашение между СПРМ и НОАШ о предоставлении помощи в процессе стратегического развития.
5 декабря 2008 года был принят новый Закон о Счетной палате №261-XVI, который вступил в силу 1 января 2009 года. Основные изменения, внесенные новым законом, касаются перехода от внешнего финансового контроля к системе внешнего публичного аудита и представляют значительное изменение функции Счетной палаты в рамках новой модели менеджмента публичных финансов.